道教炼丹术，可以区分为炼外丹和炼内丹两类。在外丹产生以前，人们把那种以五金八石为药物炼制所谓长生不死仙丹的方术，叫炼丹术。内丹产生以来，仍然沿用外丹术语，把以人体精、气、神为药物炼制仙丹的过程也叫炼丹术。但为了区分起见，通常把这种人体内的炼养称为内丹术，而把原来以矿物为原料的炼丹术叫做外丹术。又因为外丹所谓炼丹主要指从矿物质中提取金银，因此外丹术又称为外丹黄白术（“黄白”为黄金白银的隐语）。而药物、鼎炉、火候，则是外丹术炼丹的必备条件，内丹继续沿用这些术语，并把它作为内丹炼养的“三大要件”，用来比喻内丹炼养的阶段和过程。药物、鼎炉、火候是内丹炼养的关键环节，历来被视为秘而不可传。《性命圭旨》一书打破以往成规，对“三要件”作了系统全面的分析，揭露了其理论的实质，指出其要害最终都落在“修心”这一着。
 
一、内丹学药物：精气神三宝说
 
所谓“药物”，外丹指用以炼丹的五谷八石等物质。内丹借用外丹术语，把人体中的精、气、神称为“三宝”，即内丹炼养的“药物”。“药物”是维持人体生命的最基本元素，因此被列为炼丹的“三大要件”之一。其中，“精”指的是人体生命组织的精华，有先天后天两个层面。先天的精是与生俱来的，是在无为状态下自然本能产生的，称作元精；后天的精指以精液为主的多种内分泌物质和激素。“气”也有先天后天的区别，先天之气是人体原发性的气，是内丹炼丹的丹母，称为“元气”，又称“祖气”、“道气”，通常写作“炁”；后天气指呼吸之气，内丹炼养讲求先天之气与后天之气的配合，以后天之气转化为先天之气，从而产生还丹。“神”也分先天和后天，先天的神称为“元神”，是人的本来意识，是人体真正的“自我”，所以内丹家常称之为“主人公”；后天神即“识神”，对元神有干扰作用，识神凝炼而成元神，培育元神可以减少识神的干扰。
《性命圭旨》“内外二药图”首句就点明“上药三品，神与精气”。此即是指先天元精、元气、元神。因精、气、神有先天、后天之分，因此药物也有内药、外药之别。外药，就是指“交感之精”、“呼吸之气”、“思虑之神”，属于后天的精、气、神；内药则指“元精”、“元气”、“元神”，为先天的精、气、神。内丹炼养讲求先天与后天配合，即内药和外药混合，从而产生还丹。“凡修炼者，先修外药，后修内药。若高上之士，夙植灵根，故不炼外药便炼内药。” ①按照内炼理论，一般以炼精化气为炼外药阶段，化气完成为炼内药阶段，由炼精化气到炼气化神中间有过渡阶段，此时内药、外药会合凝结，先由外运周天积成外药，再用神运下丹田促生内药，在下丹田会合凝结，成为大药。这是一般修炼的程序。
精、气、神“三宝”，又有好多别的称呼，如“三姓”、“三性”、“三家”、“三物”、“三元”等。因此在《性命圭旨》中，将内药、外药合炼的过程又称为“三元合一”或“三家相见” ②。因先天为元精，后天为心；先天为元气，后天为身；先天为元神，后天为意，因此所谓“三家相见”，即身、心、意的凝成。其中“意”起了关键性的作用。“意”指潜意识，用意控制精、气、神的凝合修炼，能起中间媒介作用，因此丹经中常称意为“媒”或“黄婆”，意在五行中为土，所以又称“意土”。既然在精、气、神的凝合修炼过程中，是“意”在起控制和中间媒介的作用。因此所谓“三家相见”，即身、心、意相见，所谓的“三元合一”，也就是精、气、神会合以“意”调和而凝成金丹。对于那些真精未泄，可以不筑基，直修顿法的“上根人及上上根人”，则可以不修外药直接修内药，即直接炼“元精”、“元气”、“元神”。
综上，作者的“三家相见”一说，实质上是“意”为中介，凝炼后天的身、心、意，（即炼外药）并在此基础上实现先天元精、元气、元神的统一（即炼内药）。这里的“意”究竟指什么呢？这实际上也触及到“修心”的问题。内丹所谓修炼，一般是先外药再到内药的过程，也就是克制后天的“思虑之神”等，使得先天的“元神凝”，并指出克制后天的“思虑之神”贵在安静，也就是心意专一、不外驰，而只要先天元神凝，思虑之神自然泰定，这实质上就是如何“修心”的问题。“意”在精、气、神凝炼过程中的控制和中介作用，也就是指内丹修炼过程中“修心”所起的作用。对于一般凡夫俗子来说，因迷失本心，因此内丹修炼起初仍是以“修心”为重。至于可以不修外药直接修内药那些“上根人及上上根人”，由于心本没有外驰，就可以直接进入丹道修炼。